电子商务网站建设会面临众多知识产权问题，包括著作权、商标权、域名权、专利权以及不正当竞争等。
在著作权方面，网页界面设计、源代码、软件以及网站的内容等均受著作权法律保护。
值得注意的是，信息网络传播权是著作权人的一项独立权利，即使已在报刊上刊登或者网络上传播的作品，未经著作权人许可，也不得在网络上连载、摘编，经许可登载的应支付报酬，并不得删除或者改变作品的权利管理电子信息。
电子商务网站所有者应在网站中就著作权保护相关事项发表声明，以充分提示网站浏览者，并保护自身合法权益。
商标权与域名权的交叉侵权是目前比较突出的情况之一，虽然相关法律、法规以及司法解释对此已有涉及，但是尚有很多空白点，电子商务网站经营者对此应有充分的准备。不要试图搭名牌“便车”，这样往往得不偿失，当然，对于一些名牌的反向域名侵夺行为也应据理力争。
对于商标权、专利权的一般性保护，在网络世界与现实世界并无二致，只是可能侵权的严重程度会有所不同。但是在一些国家，对于独创的商业经营模式也给予专利保护，而由于电子商务本身是崭新的经营理念，电子商务的很多经营模式都是独创的，电子商务经营者在采用或者模仿他人的经营模式时就必须特别当心。